ついに世界最大の国家・神聖ブリタニア帝国と黒の騎士団が激突する。それはルルーシュ＝仮面の男ゼロの計略通りであった。
唯一ルルーシュの計算外は、妹のナナリー。一方、第2皇子シュナイゼルは、黒の騎士団に接触。彼らの統制を揺るがすゼロの秘密を明かす。
戦乱は一層激しくなり、あらゆる人々の怒りや悲しみ、執着や願いを飲み込んでいく。未来のために今、なすべきことは何か。それはゼロレクイエム。
憎しみで塗り込められた旧時代を葬り去り、新たな時代を拓くための祈り。ルルーシュとスザクの物語は衝撃の明日を迎える。