2006～08年にかけて2シーズンが放送された人気アニメ「コードギアス　反逆のルルーシュ」のアナザーストーリーを描く全5章の第３章。
ユーロ・ブリタニアとユーロピア共和国連合（E.U.）の戦いが続く中、作戦を終えたアキトたちワイバァン隊は何者かによってID登録を抹消されてしまい、駐屯地に戻れなくなってしまう。一方、ユーロ・ブリタニアには、神聖ブリタニア帝国皇帝直属の騎士団「ナイトオブラウンズ」のひとり枢木スザクを従えた、謎の軍師ジュリアス・キングスレイが着任。皇帝の名の下に、対E.U.戦線の指揮権を掌握するが……。