世界大戦の火種がくすぶる昭和12年秋、帝国陸軍の結城中佐によって、スパイ養成部門“Ｄ機関”が秘密裏に設立される。
機関員として選ばれたのは、 東京や京都といった一般の大学を卒業し、 超人的な選抜試験を平然とくぐり抜けた若者たち。
彼らは魔術師のごとき知略を持つ結城中佐のもと、スパイ活動に必要なありとあらゆる技術を身につけ、任地へと旅立っていく。
味方を欺き、敵の裏をかき、世界中を暗躍。 東京、上海、ロンドン……世界各地で繰り広げられるインテリジェンス・ミステリー。