仮面の反逆者ゼロとして、反ブリタニア勢力・黒の騎士団を増強していくルルーシュと、第3皇女ユーフェミアの騎士に任じられるスザク。
それぞれに力をつけていく二人に運命の転機が訪れる。エリア11副総督としてユーフェミアが行政特区「日本」の発足を発表したのだ。
行政特区日本の実現は、黒の騎士団の存在意義の消失を意味する。状況を打開するため、ルルーシュはユーフェミアとの面会を試みる。
守りたいもののために決めた覚悟。ギアスの代償。一縷の希望は悠久の野望と共に翻弄され、悲劇は加速していく――